کتاب‌خانۀ نُسَخ خطی

این بخش دارای ۳۵۶ نسخۀ خطی است که به صورت دیجیتالی آمادۀ بهره‌برداری است. کتاب‌های این مجموعه که بیشتر آنها متعلق به علامه دهخداست، شامل موضوعات مختلف از جمله ادبیات، فقه و اصول، عرفان، حدیث، تفسیر، ادعیه، علوم قرآن، جغرافیا، هیئت و نجوم، طب، علوم غریبه، منطق و فلسفه، اخلاق و نیز فرهنگ‌های لغت به زبان‌های فارسی، عربی و ترکی است. این مجموعه هم‌اکنون آمادۀ خدمت‌رسانی به محققان و پژوهشگران از سراسر کشور است.

نُسَخ خطی مؤسسه تا کنون یک بار در سال ۱۳۴۳ توسط محمدتقی دانش‌پژوه و بار دیگر در سال ۱۳۹۸ توسط سید محمد طباطبایی بهبهانی با شیوه‌ای نو فهرست‌نویسی و منتشر شده است.

فهرست نُسَخ خطی علامه دهخدا