این بخش دارای ۳۵۶ نسخه خطی است که به صورت دیجیتالی آماده بهره‌برداری است. کتاب‌های این گنجینه که بیشتر آنها متعلق به علامه دهخدا است، شامل موضوعات مختلف از جمله ادبیات، فقه و اصول، عرفان، حدیث، تفسیر، ادعیه، علوم قرآن، جغرافیا، هیئت و نجوم، طب، علوم غریبه، منطق و فلسفه، اخلاق و نیز فرهنگ‌های لغت به زبان‌های فارسی، عربی و ترکی است. این مجموعه هم اکنون آماده پذیرش محققان و پژوهشگران از سراسر کشور است. این مرکز در راستای رسیدن به اهداف علمی و فرهنگی و ارائه خدمات به پویندگان معرفت همواره آماده حفظ و نگهداری نسخه‌های خطی و چاپی اهدایی از طرف عاشقان ادب و فرهنگ این مرز و بوم است.